Welcome to HugeMDB, the ultimate molecular database for chemists and enthusiasts alike. Delve into the captivating world of chemistry, where minuscule molecules hold immense power and potential.
With our comprehensive collection of over 102 million molecules and 1.7 billion spatial structures, we've meticulously crafted a treasure trove of chemical wonders.
Unlock the secrets of these invisible entities, as we've harnessed cutting-edge technology to visualize and explore their intricate spatial arrangements.
Whether you're a student, educator, or professional chemist, our user-friendly interface empowers you to effortlessly navigate this vast realm. Discover new molecules, uncover groundbreaking drugs, and master the art of organic synthesis.
Moreover, we've made accessibility a priority. Seamlessly search for any molecule in our extensive database and effortlessly save your findings in a personalized HTML format. This allows you to share your discoveries with others, regardless of their access to our database.
Embark on an extraordinary journey into the realm of molecular exploration with HugeMDB. Unleash your curiosity, expand your knowledge, and unlock the boundless potential of chemistry.
Key Idea
Kernidee
Idee clé
Our molecular conformer database is the realization of remarkable scientific concepts brought to life.
Imagine the sheer amount of computational resources required to create this database.
On average, each molecule in our database contains about 50 atoms. Even the fastest and most efficient molecular mechanics solver, running on a powerful desktop computer, can find only one local minimum or conformer in approximately 10-50 seconds. Therefore, a single computer running continuously for a year would be able to find approximately one million conformers.
However, our database contains around 1.7 billion such conformers.
Moreover, many of them have been verified using semi-empirical and even Hartree-Fock methods, which require thousands of times more computational resources.
Do not think that we used thousands of computers running for many years to create this database. We employed state-of-the-art numerical methods that helped us significantly reduce computational time. The database was built using just one small supercomputer with a peak computing power of approximately 24 teraflops, and it operated for only a year.
We constantly strive to share the details of how we achieved this in our scientific publications. We have long been passionate about creating this database, and now we proudly and joyfully offer you access to our free resource.
Unsere Datenbank für molekulare Konformer ist die Verwirklichung bemerkenswerter wissenschaftlicher Konzepte, zum Leben erweckt.
Stellen Sie sich die enormen Rechenressourcen vor, die für die Erstellung dieser Datenbank erforderlich waren.
Durchschnittlich enthält jede Molekül in unserer Datenbank etwa 50 Atome. Selbst der schnellste und effizienteste molekulare Mechanik-Löser, der auf einem leistungsstarken Desktop-Computer läuft, kann nur ein lokales Minimum oder Konformer in etwa 10-50 Sekunden finden. Daher könnte ein einziger Computer, der ein Jahr lang kontinuierlich läuft, etwa eine Million Konformer finden.
Unsere Datenbank enthält jedoch rund 1,7 Milliarden solcher Konformer.
Darüber hinaus wurden viele von ihnen mit semi-empirischen und sogar Hartree-Fock-Methoden verifiziert, die tausendmal mehr Rechenressourcen erfordern.
Denken Sie nicht, dass wir Tausende von Computern eingesetzt haben, die viele Jahre lang liefen, um diese Datenbank zu erstellen. Wir haben hochmoderne numerische Methoden verwendet, die uns geholfen haben, die Rechenzeit erheblich zu verkürzen. Die Datenbank wurde mit nur einem kleinen Supercomputer mit einer Spitzenrechenleistung von etwa 24 Teraflops erstellt und lief nur ein Jahr lang.
Wir bemühen uns ständig, die Details darüber, wie wir dies erreicht haben, in wissenschaftlichen Publikationen zu teilen. Wir waren schon lange leidenschaftlich daran interessiert, diese Datenbank zu erstellen, und jetzt bieten wir Ihnen stolz und freudig kostenlosen Zugang zu unseren Ressourcen.
Notre base de données de conformateurs moléculaires est la concrétisation de concepts scientifiques remarquables donnant vie à la réalité.
Imaginez la quantité impressionnante de ressources informatiques nécessaires pour créer cette base de données.
En moyenne, chaque molécule de notre base de données contient environ 50 atomes. Même le solveur mécanique moléculaire le plus rapide et le plus efficace, fonctionnant sur un puissant ordinateur de bureau, ne peut trouver qu'un seul minimum local ou conformère en environ 10 à 50 secondes. Par conséquent, un seul ordinateur fonctionnant en continu pendant un an serait en mesure de trouver environ un million de conformères.
Cependant, notre base de données contient environ 1,7 milliard de tels conformères.
De plus, beaucoup d'entre eux ont été vérifiés à l'aide de méthodes semi-empiriques et même de méthodes de Hartree-Fock, qui nécessitent des ressources informatiques des milliers de fois supérieures.
Ne pensez pas que nous avons utilisé des milliers d'ordinateurs fonctionnant pendant de nombreuses années pour créer cette base de données. Nous avons utilisé des méthodes numériques de pointe qui nous ont permis de réduire considérablement le temps de calcul. La base de données a été construite à l'aide d'un seul petit supercalculateur d'une puissance de calcul maximale d'environ 24 teraflops, et il a fonctionné pendant seulement un an.
Nous nous efforçons constamment de partager les détails sur la façon dont nous avons réalisé cela dans nos publications scientifiques. Nous avons depuis longtemps une passion pour la création de cette base de données, et maintenant nous vous offrons fièrement et avec joie l'accès à notre ressource gratuite.
Scientific Publications
Wissenschaftliche Veröffentlichungen
Publications scientifiques
Application of Structured Matrices for Solving Hartree-Fock Equations, doi: 10.48550/arXiv.2306.15468,
Application of the three‐way decomposition for matrix compression, NLAA, doi: 10.1002/nla.297.
Removal of a time barrier for high-resolution multidimensional NMR spectroscopy, Nature, doi: 10.1038/nmeth900,
Breaking the Computational Barrier: HugeMDB for High-Speed Conformer Exploration in Big Data, in press
Mission
The project was started in 2014 in Saarland, Germany, and was developed by the project creators in their free time and with their own resources for a long time. In mid-2021, the database was publicly introduced for the first time and has been under discussion among beta testers since then. During this time, a lot of feedback has been gathered, many issues have been addressed, and now it is available for active use.
The authors of this project aim to always provide this database for free to everyone, as such knowledge should always be open.
Das Projekt wurde 2014 in Saarland, Deutschland, gestartet und wurde von den Projektinitiatoren lange Zeit in ihrer Freizeit und mit eigenen Ressourcen entwickelt. Mitte 2021 wurde die Datenbank erstmals öffentlich vorgestellt und befindet sich seitdem unter Diskussion unter den Beta-Testern. In dieser Zeit wurden viele Rückmeldungen gesammelt, viele Probleme wurden behoben, und jetzt steht sie zur aktiven Nutzung zur Verfügung.
Die Autoren dieses Projekts haben das Ziel, diese Datenbank immer kostenlos für jeden zur Verfügung zu stellen, da solches Wissen immer offen sein sollte.
Le projet a été lancé en 2014 à Saarland, en Allemagne, et a été développé par les créateurs du projet pendant leur temps libre et avec leurs propres ressources pendant longtemps. À la mi-2021, la base de données a été présentée publiquement pour la première fois et est en discussion parmi les testeurs bêta depuis lors. Pendant cette période, de nombreux commentaires ont été recueillis, de nombreux problèmes ont été résolus et maintenant elle est disponible pour une utilisation active.
Les auteurs de ce projet ont pour objectif de fournir cette base de données gratuitement à tous, car une telle connaissance doit toujours être accessible.
The following plans are scheduled for this database in the near future:
Implement a multilingual interface.
Develop a flexible search feature for names, partial names, and considering minor grammatical errors or discrepancies in designations.
Improve the presentability and make the interface more modern in design.
Add 3D orbital rendering and utilize faster technologies (WebGL) for molecule rendering.
Include a molecule fragment editor and enable search based on these fragments.
Incorporate physical properties of substances.
Allow users to edit the physical properties of substances and upload graphs and spatial structures to the database.
Maintain modification history to allow users to review and, if necessary, comment on identified errors, similar to Wikipedia.
Integrate automatic conformer calculation for user-uploaded molecule graphs.
Significantly speed up the entire database regeneration process (currently, fixing even a single spelling mistake or structural formula requires restarting the database formation, which takes about a week).
And much more!
Folgende Pläne sind für diese Datenbank in naher Zukunft geplant:
Einführung einer mehrsprachigen Benutzeroberfläche.
Entwicklung einer flexiblen Suchfunktion für Namen, Teilen von Namen und Berücksichtigung geringfügiger grammatikalischer Fehler oder Abweichungen in Bezeichnungen.
Verbesserung der Präsentation und Modernisierung des Designs der Benutzeroberfläche.
Hinzufügen von 3D-Bahnvisualisierung und Verwendung schnellerer Technologien (WebGL) für die Darstellung von Molekülen.
Einfügen eines Molekülfragment-Editors und ermöglichen Sie die Suche basierend auf diesen Fragmenten.
Einbeziehung physikalischer Eigenschaften von Substanzen.
Benutzern erlauben, die physikalischen Eigenschaften von Substanzen zu bearbeiten und Diagramme und räumliche Strukturen in die Datenbank hochzuladen.
Pflege eines Änderungsverlaufs, der es Benutzern ermöglicht, identifizierte Fehler zu überprüfen und gegebenenfalls zu kommentieren, ähnlich wie bei Wikipedia.
Integration einer automatischen Konformer-Berechnung für vom Benutzer hochgeladene Molekülgraphen.
Erhebliche Beschleunigung des gesamten Datenbankregenerationsprozesses (derzeit erfordert selbst die Korrektur eines einzigen Rechtschreibfehlers oder Strukturformels eine Neustart des Datenbankaufbaus, der etwa eine Woche dauert).
Und vieles mehr!
Les plans suivants sont prévus pour cette base de données dans un avenir proche :
Mettre en place une interface multilingue.
Développer une fonctionnalité de recherche flexible pour les noms, les noms partiels, et tenir compte des erreurs grammaticales mineures ou des divergences dans les désignations.
Améliorer la présentation et rendre l'interface plus moderne en termes de design.
Ajouter un rendu orbital 3D et utiliser des technologies plus rapides (WebGL) pour le rendu des molécules.
Inclure un éditeur de fragments de molécules et permettre la recherche basée sur ces fragments.
Incorporer les propriétés physiques des substances.
Permettre aux utilisateurs de modifier les propriétés physiques des substances et de télécharger des graphiques et des structures spatiales dans la base de données.
Maintenir l'historique des modifications pour permettre aux utilisateurs de réviser et, si nécessaire, de commenter les erreurs identifiées, de manière similaire à Wikipédia.
Intégrer le calculateur automatique de conformères pour les graphiques de molécules téléchargés par les utilisateurs.
Accélérer considérablement l'ensemble du processus de régénération de la base de données (actuellement, la correction d'une seule faute d'orthographe ou d'une formule structurelle nécessite de redémarrer la formation de la base de données, ce qui prend environ une semaine).
Et bien plus encore!
Since knowledge about the physical and chemical properties of molecules, their spatial structure, and reactivity cannot be patented, this project does not violate intellectual property laws.
We plan to organize moderation and verification of externally contributed information. If any information provided by a user of the database is found to violate the rights of the information owner, we are ready to promptly remove this information from our database upon the rights holder's request.
Da Kenntnisse über die physikalischen und chemischen Eigenschaften von Molekülen, ihre räumliche Struktur und Reaktivität nicht patentiert werden können, verstößt dieses Projekt nicht gegen das Urheberrecht.
Wir planen die Moderation und Überprüfung von extern beigetragenen Informationen zu organisieren. Wenn festgestellt wird, dass Informationen, die von einem Benutzer der Datenbank bereitgestellt wurden, die Rechte des Informationsinhabers verletzen, sind wir bereit, diese Informationen auf Anforderung des Rechteinhabers umgehend aus unserer Datenbank zu entfernen.
Puisque les connaissances sur les propriétés physiques et chimiques des molécules, leur structure spatiale et leur réactivité ne peuvent pas être brevetées, ce projet ne viole pas les lois sur la propriété intellectuelle.
Nous prévoyons d'organiser une modération et une vérification des informations contribuées par des tiers. Si des informations fournies par un utilisateur de la base de données sont jugées en violation des droits du propriétaire des informations, nous sommes prêts à retirer rapidement ces informations de notre base de données sur demande du titulaire des droits.
Other Ways You Can Help
Andere Möglichkeiten, wie Sie helfen können
Autres moyens de contribution
We will be happy to hear any of your advice on the functionality of the HugeMDB, and we hope that only together with you we can make a product that is convenient for everyone and always free of charge.
Wir freuen uns über jeden Ratschlag zur Funktionalität des HugeMDB und hoffen, dass wir gemeinsam mit Ihnen ein Produkt schaffen können, das für alle bequem und immer kostenlos ist.
Nous serons ravis d'entendre vos conseils sur la fonctionnalité de HugeMDB, et nous espérons que c'est ensemble que nous pourrons créer un produit pratique pour tous et toujours gratuit.
BUG & Suggestions
Fehler & Vorschläge
Bugs et suggestions
If you want to report bug, or suggest improvements, please, do not hesitate to send a e-mail to development at multi-d dot com with the subject "HugeMDB". We will report you regarding to this bug/improvement and if, confirmed, append to this list.
Fixed bugs or completed improvements will be removed from the list, and the author, who has reported first this bug will be notified.
You can also subscribe/unsubscribe to/from the updates in this list sending e-mail to the same e-mail address with a message subscribe/unsubscribe.
Several bugs in the software or firmware of the HugeMDB system that are not directly visible in the Web Interface but known for developers and beta testers are not reported for public and is distributed only by this e-mail subscriptions.
Wenn Sie einen Fehler melden oder Verbesserungen vorschlagen möchten, zögern Sie bitte nicht, eine E-Mail an development at multi-d dot com mit dem Betreff "HugeMDB" zu senden. Wir werden Sie in Bezug auf diesen Fehler/Verbesserung informieren und ihn, falls bestätigt, dieser Liste hinzufügen.
Behobene Fehler oder abgeschlossene Verbesserungen werden von der Liste entfernt, und der Autor, der diesen Fehler zuerst gemeldet hat, wird benachrichtigt.
Sie können sich auch per E-Mail an dieselbe Adresse mit der Nachricht "subscribe/unsubscribe" für Updates in dieser Liste anmelden/abmelden.
Einige Fehler in der Software oder Firmware des HugeMDB-Systems, die nicht direkt in der Web-Benutzeroberfläche sichtbar sind, aber den Entwicklern und Beta-Testern bekannt sind, werden nicht öffentlich gemeldet und nur über diese E-Mail-Abonnements verteilt.
Si vous souhaitez signaler un bug ou suggérer des améliorations, n'hésitez pas à envoyer un e-mail à development at multi-d dot com avec pour sujet "HugeMDB". Nous vous tiendrons informé(e) concernant ce bug/amélioration et, s'il est confirmé, nous l'ajouterons à cette liste.
Les bugs corrigés ou les améliorations terminées seront supprimés de la liste, et l'auteur ayant signalé en premier ce bug sera notifié.
Vous pouvez également vous abonner/désabonner des mises à jour de cette liste en envoyant un e-mail à la même adresse e-mail avec le message "subscribe/unsubscribe".
Certains bugs du logiciel ou du micrologiciel du système HugeMDB, qui ne sont pas directement visibles dans l'interface Web mais qui sont connus des développeurs et des testeurs bêta, ne sont pas signalés publiquement et sont distribués uniquement via ces abonnements par e-mail.
Off-Line Version of HugeMDB
Offline-Version von HugeMDB
Version hors ligne de HugeMDB
The entire database, including the spatial structures of all 1.7 billion conformers and an incredibly efficient search methodology, occupies a mere 300GB. For fast search algorithms, approximately 10GB of RAM is required, or just 600MB for compact and nearly-optimal search. When comparing our database to well-known databases like PubChem, which has a slightly smaller number of conformers but a modern size of around 50TB, our database is roughly 170 times smaller while containing a greater wealth of information.
This achievement is made possible by employing a hierarchical format for the spatial graphs of molecules, where the storage requirement for each atom's coordinate is a mere average of about 10 bits: 300GB / (50 atoms per molecule) / (1.7 billion conformers) / (3 spatial coordinates).
Such a database opens up new possibilities for its use in quantum mechanical calculations. After all, 300GB can easily fit on a mobile phone flash drive, while not everyone constantly has access to 50TB of free space for a copy of PubChem, especially those who rely on such structures for their work.
Currently, in order to offer this offline version, we need to spend some time preparing and coordinating the formats. Therefore, we are ready to provide such a copy to those who donate a substantial amount to us.
Die gesamte Datenbank, einschließlich der räumlichen Strukturen aller 1,7 Milliarden Konformere und einer unglaublich effizienten Suchmethodik, benötigt lediglich 300 GB Speicherplatz. Für schnelle Suchalgorithmen werden etwa 10 GB RAM benötigt, oder nur 600 MB für eine kompakte und nahezu optimale Suche. Verglichen mit bekannten Datenbanken wie PubChem, die eine etwas geringere Anzahl von Konformeren, aber eine moderne Größe von rund 50 TB aufweist, ist unsere Datenbank etwa 170-mal kleiner und enthält gleichzeitig einen größeren Reichtum an Informationen.
Dieses Ergebnis wird durch die Verwendung eines hierarchischen Formats für die räumlichen Graphen von Molekülen ermöglicht, bei dem der Speicherbedarf für die Koordinaten jedes Atoms durchschnittlich nur etwa 10 Bits beträgt: 300 GB / (50 Atome pro Molekül) / (1,7 Milliarden Konformere) / (3 räumliche Koordinaten).
Eine solche Datenbank eröffnet neue Möglichkeiten für ihren Einsatz in quantenmechanischen Berechnungen. Immerhin passen 300 GB problemlos auf einen mobilen Flash-Laufwerk, während nicht jeder ständig über 50 TB freien Speicherplatz für eine Kopie von PubChem verfügt, insbesondere nicht diejenigen, die für ihre Arbeit auf solche Strukturen angewiesen sind.
Um diese Offline-Version anzubieten, müssen wir derzeit einige Zeit für die Vorbereitung und Koordination der Formate aufwenden. Daher sind wir bereit, eine solche Kopie denjenigen zur Verfügung zu stellen, die einen erheblichen Betrag an uns spenden.
L'ensemble de la base de données, y compris les structures spatiales de tous les 1,7 milliard de conformères et une méthodologie de recherche incroyablement efficace, occupe seulement 300 Go. Pour les algorithmes de recherche rapides, environ 10 Go de RAM sont requis, ou seulement 600 Mo pour une recherche compacte et presque optimale. Lorsqu'on compare notre base de données à des bases de données bien connues comme PubChem, qui compte un nombre légèrement inférieur de conformères mais une taille moderne d'environ 50 To, notre base de données est environ 170 fois plus petite tout en contenant une plus grande quantité d'informations.
Cette réalisation est rendue possible en utilisant un format hiérarchique pour les graphes spatiaux des molécules, où la taille de stockage requise pour les coordonnées de chaque atome est en moyenne d'environ 10 bits : 300 Go / (50 atomes par molécule) / (1,7 milliard de conformères) / (3 coordonnées spatiales).
Une telle base de données ouvre de nouvelles possibilités pour son utilisation dans les calculs mécaniques quantiques. Après tout, 300 Go peuvent facilement tenir sur une clé USB pour téléphone portable, alors que tout le monde n'a pas constamment accès à 50 To d'espace libre pour une copie de PubChem, en particulier ceux qui comptent sur de telles structures pour leur travail.
Actuellement, pour proposer cette version hors ligne, nous devons passer du temps à la préparation et à la coordination des formats. Par conséquent, nous sommes prêts à fournir une telle copie à ceux qui nous font un don substantiel.
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Please consider making a donation to our project to support its development.
We would also like to mention that we are prepared to provide the offline database itself as a Linux library with a well-optimized engine and nearly O(1) computational complexity for search queries to those who significantly contribute through donations. In the future, we plan to offer such access to everyone for free.
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Wir möchten auch erwähnen, dass wir bereit sind, die Offline-Datenbank selbst als Linux-Bibliothek mit einem optimierten Motor und nahezu O(1) Berechnungskomplexität für Suchanfragen denjenigen zur Verfügung zu stellen, die durch Spenden wesentlich beitragen. In Zukunft planen wir, einen solchen Zugang für alle kostenlos anzubieten.
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